1977年秋天，吳三連先生即將度過八十歲生日前，其子女以及部屬、門生、故舊等相關事業同仁，以吳三連一生服務社會國家，貢獻卓著，聲望崇隆，商議要設立一個文藝獎基金會來做慶祝；暖壽的方式有許多，但以成立基金會為長輩祝壽的例子卻很少見，吳三連先生本人對於設立文藝獎基金會之事樂觀其成，認為假使自己有能力，由自己出錢來設立會比較好，因為別人出錢總他感到不安，但在大家堅持的堅持下，終於在1978年1月30日「財團法人吳三連先生文藝獎基金會」宣告成立，首屆推侯雨利擔任董事長，吳尊賢當副董事長，吳豐山擔任秘書長，起初每年定期頒發文學獎及藝術獎，藉以獎勵文藝人才。1989年，獎項擴增到人文社會科學獎、數理生物科學獎、醫學獎、實業獎、社會服務獎等，故更名為「財團法人吳三連獎基金會」。
第一屆吳三連獎得主與吳三連先生（左2）合影